使用规模： 木瓜蛋白酶在医药、食物、饮料、化学试剂、饲料、纺织化妆品等方面都有广泛的使用，开发前景宽广。

食物工业：在食物行业中，木瓜蛋白酶可用于肉类嫩化、啤酒弄清、饼干松化等用处。 

木瓜蛋白酶在啤酒中的使用：啤酒弄清剂：引起啤酒冷藏混浊时首要原因是啤酒中的蛋白质极易与多元酚结大分子的复合物。使用啤酒弄清剂中的木瓜蛋白酶对形成混浊的蛋白质有广泛的特异性，能把大分子的蛋白质降解成小分子的物质，提高了蛋白质与多元酚复合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一种具有生物活性的蛋白质，该蛋白质可与引起啤酒冷藏混浊的多元酚形成稳定状况平衡，防止了啤酒的冷藏混浊。

 肉类嫩化剂：使用木瓜蛋白酶能裂解肉类中的胶原蛋白和肌肉纤维，而使肉的结构松散。由于木瓜蛋白酶是半胱氨酰基蛋白酶，能降解胶原纤维和结缔组织蛋白质，它将肌动球蛋白和胶原蛋白降解成为小分子的多肽甚至氨基酸, 令肌肉肌丝和筋腰丝断裂, 使肉类变得嫩滑，并简化蛋白质结构使人体食用后易于消化吸收。

 饼干松化剂：使用木瓜蛋白酶的酶促反响, 将面团的蛋白质降解为小分子的肤或氨基酶, 降低了面团的拉伸阻力, 使面团变得柔软、更有可塑性, 减少弹性, 易于成型。用量视饼干厂的加工办法和面团中蛋白质的含量不同而不同，研讨表明每公斤面添加0.6-1.0万单位/ 克为佳。